När Sudan blev oberoende den 1 januari 1956 hade de övervägande animistiska och kristna folken som bodde i södra delen av det nya landet inga regionala symboler, medan de dominerande muslimerna i landets norr och centrum visade banderoller med islamisk symbolik. Före självständigheten hade britterna (som hade styrt tillsammans med egyptierna) ordnat med lämpliga lokala symboler för regionerna i Sudan, men den nya regeringen i det oberoende Sudan motsatte sig att dessa symboler stred mot att främja nationell enhet.
Frågesport som utforskar Afrika: fakta eller fiktion? Det snöar aldrig i Kenya.Från början kände södra Sudaneser sig diskriminerad av den islamiska norr. Sydländerna utkämpade ett långvarigt och blodigt inbördeskrig för att få sitt oberoende, vilket kulminerade i ett fredsavtal 2005 som inkluderade en folkomröstning om självständighet i söder. Den folkomröstningen antogs överväldigande i januari 2011 och Sydsudan blev självständig den 9 juli. Under 1990-talet, under deras kamp mot norr, hade södra Sudanerna skapat ett banner för självständighet, vilket blev den nya nationella flaggan för första gången. när Sydsudan blev oberoende den 9 juli 2011.
Denna flagga har sex färger. Den svarta påminner om den svarta afrikanska anor till södra Sudan och det traditionella namnet på deras land, härledt från arabiska bilad al-sūdān ("de svarta landens "). Det vita i flaggan är en symbol för fred och välvilja för alla. Rött står för blod och offer för hjältar och martyrer genom tiderna. Grönt symboliserar jordbruk, skogar, naturlig rikedom och välstånd samt framsteg. Den blå triangeln representerar det eviga Nile River-systemet, som flyter genom landet och ger näring. Gult är en symbol för hopp och beslutsamhet för alla människor.
