Den första riktigt nationella flaggan i Samoa verkar ha antagits den 2 oktober 1873. Den röda bakgrunden bar ett vitt kors som sträckte sig till flaggens kanter, samt en vit stjärna i det övre lyfthörnan. Symboliken är okänd, men korset och stjärnan kan ha stått för kristendomen respektive självständigheten. Kung Tamasese, som gynnade tyskarna som besökte området, ändrade senare den nationella flaggan genom att placera ett svart kors ovanpå den vita, vilket gav de tyska röd-vita-svarta färgerna till Samoa. Den flaggan användes från 1886 till 1889, men den upphörde att användas efter Tamasese. USA och Tyskland delade öarna 1900 och inrättade separata protektorat där lokala flaggor inte uppmuntrades.
I början av 1900-talet administrerades det tidigare tyska territoriet av Nya Zeeland. En lokalflagga för dessa öar utvecklades som reflekterade Nya Zeelands flagga i dess röd-vitblå färger, södra korsets konstellation och fält-och-kanton-design. Introducerad den 26 maj 1948 var den nya samoanska flaggan röd med fyra vita stjärnor på en blå kanton; den 24 februari 1949 tillkom en femte stjärna. Södra korset har varit ett populärt flaggemblem i andra länder på södra halvklotet. Den används till exempel av Australien, Nya Zeeland och Brasilien. I den samoanska flaggan sägs vitt stå för renhet, blått för frihet och rött för mod. Ingen förändring gjordes i den nationella flaggan när landet blev oberoende den 1 januari 1962.
