Montenegrins självständighet erkändes 1878, och det året antog Montenegro den horisontella rödblå-vita tricoloren i Serbien (med vilken den hade lösa länkar) för sin egen statsflagga. Dess pan-slaviska färger inspirerades av den ryska flaggan. När Montenegro förvärvade en marin uppträdde symboler för prins (senare kung) Nicholas på designen. Efter första världskriget blev oberoende Montenegro tillsammans med flera andra länder på Balkan en del av kungariket serber, kroater och slovener (senare döpt om till Jugoslavien) och hade ingen egen flagga. Jugoslavien upplöstes av axelmakterna under andra världskriget; Montenegro, nominellt oberoende, ockuperades av Italien och flög igen den rödblå-vita tricolor från juli 1941 till november 1943.
Jugoslavien återupprättades som en federation efter kriget, och dess konstituerande republiker fick anta flaggor. Montenegro använde sin tricolor, med en gul konturerad röd stjärna i mitten, från december 1946 till 1993. Republiken förblev (med Serbien) i den jugoslaviska federationen efter att de andra republikerna hade avskilt sig från den i början av 1990-talet; landet var känt som Serbien och Montenegro 2003–06.
Den 13 juli 2004 antog Montenegro en distinkt flagga. Baserat på en gammal kunglig banner var Montenegros nya flagga röd kantad med gul. I mitten var en gul dubbelhövdad örn som visade en sköld med ett lejon - de dynastiska armarna från Njegoš-dynastin som en gång regerade Montenegro. 2006 gynnade en populär folkomröstning i Montenegro dess avskiljande från federationen, och självständighet utropades den 3 juni; flaggan 2004 blev Montenegros nationella flagga den dagen.
